La Covid-19 n’est toujours pas un simple rhume. Et la vaccination ne réduit pas suffisamment la transmission

Les adultes en fin d’immunité vaccinale (vacciné ne veut pas dire immunisé et encore moins immunisé à vie c’est aussi vrai pour d’autres vaccins), les adultes non vaccinés non immunisés, les enfants et ados largement non vaccinés et non immunisés (j’entends encore ceux qui racontaient “les enfants l’ont tous eue”, et bien non au vu des taux d’incidence des moins de 18 ans…) et les grands immunofragiles ont eu ou sont en train d’attraper le Delta qui est beaucoup plus contagieux que la souche sauvage (https://atlantico.fr/article/decryptage/covid-19---ces-tres-bonnes-nouvelles-pour-l-ete-2021--et-la-moins-bonne-pour-la-suite----vaccination-transmission-quarantaine-isolement-pandemie-guy-andre-pelouze). C’est une résurgence dont l’origine est un variant. J’ai expliqué les déterminants dans un article précédent et en particulier la forte incidence dans la classe d’âge inférieure à 18 ans sur la Figure N°1 (https://atlantico.fr/article/decryptage/covid-19---ces-signaux-qui-indiquent-que-la-pandemie-n-est-toujours-pas-sous-controle-en-france-vaccination-gestes-barrieres-epidemie-contaminations-variant-delta-vaccin-troisieme-dose-guy-andre-pelouze) que je reproduis pour bien établir que cette résurgence concerne les jeunes (en bas à gauche) comme d’ailleurs celle d’avril-mai. Le vaccin protège ceux qui ont eu la maladie ou sont vaccinés pendant environ 6-8 mois. La mortalité est beaucoup plus faible car ceux qui se contaminent sont plus jeunes (en bas à droite), vaccinés ou en fin d’immunisation mais avec un degré de protection résiduel.

Figure N°1 La semaine 44 selon l’ECDC (https://covid19-country-overviews.ecdc.europa.eu/#15_France). Pour l’instant c’est une pandémie des jeunes et des non immunisés avec moins de morts et moins de malades en réa. Cela se confirme et les guéris, les vaccinés immunisés protègent la population d’une submersion du système de soins c’est un fait. (a) La résurgence actuelle est moins mortelle. Depuis le début de la vaccination le nombre de décès diminue et n’est plus que faiblement corrélé au nombre d’infections certifiées. Première corrélation entre des nombres réels de statistiques descriptives. (b) nous faisons toujours des tests mais moins que quand ils étaient remboursés sans prescription médicale. La différence entre les deux ce sont les tests de convenance. Les tests de convenance remboursés sont du gaspillage et embouteillent les lieux de tests au détriment des tests médicalement justifiés. (c) C’est une résurgence des non vaccinés et des non immunisés (je rappelle que ce n’est pas pareil). À l’est de l’Europe les non vaccinés et vers l'Ouest les vaccinés en fin de  protection immunitaire. Dès 65 ans l’incidence diminue des deux tiers. Nouvelle corrélation entre vaccin et incidence de cas confirmés. Le vaccin n’a pas été inventé pour supprimer la transmission (cf infra) mais il freine cette dernière. Bien évidemment d’autres facteurs interviennent. (d) le taux de positivité des tests ne s’envole pas même s'il augmente, signe que le variant Delta dont le R0 est de 6-8 est très contagieux. Encore une fois malgré un R0 élevé le R effectif est contenu non pas par le TTIQ (Test, Trace, Isolate, Quarantine), les masques et l’éloignement ou le contrôle des frontières puisque ces mesures sont à zéro mais par la vaccination. En effet les protections non pharmacologiques sont efficaces avec un seuil, par exemple les masques portés correctement par 20% de la population n’ont aucun effet. Au niveau du temps, il est possible que nous soyons dans une phase plus précoce de la résurgence actuelle, par exemple par rapport à l’Allemagne, car géographiquement elle est plutôt née  à l’Est de l’Europe. Là où se trouvait le plus grand nombre de non vaccinés non immunisés. (a) en haut à gauche; (b) en haut à droite; (c) en bas à gauche; (d) en bas à droite.

Le signal d’un R effectif supérieur à 1 était présent depuis le 15 octobre comme expliqué sur les Figures N°4 & 5 de cet article (https://www.atlantico.fr/article/decryptage/variant-omicron---voila-a-quoi-ressemblerait-une-strategie-intelligente-face-au-dernier-rebondissement-covid-guy-andre-pelouze ) auquel il faut se référer; ce qui permet de comprendre que nous avions le temps de freiner la transmission plus tôt. Il faut donc reprendre les protections personnelles puisque nous les avons imprudemment abandonnées, que la pandémie n’est pas terminée et que l’immunisation est à parfaire. Le message “tous vaccinés tous protégés” est bien erroné, “tous vaccinés mieux protégés” est exact. Le message plus politique du retour à la vie normale avec le vaccin, est une pure hypothèse qui ne vaudra qu’après un délai aujourd’hui inconnu. 

La transmission (et non la circulation) du virus est essentiellement liée à nos comportements sociaux

“It is time to accept the fact that most people acquire SARS-CoV-2 by breathing in contaminated air.”

Il est temps d'accepter le fait que la plupart des gens contractent le SRAS-CoV-2 en respirant de l'air contaminé (https://t.co/s75G1RDSE4) . 

Simuler la transmission

Pour que cette situation complexe soit bien appréhendée il faut recourir à des simulations dans un modèle. En effet c’est bien trop complexe pour en discuter sur un plateau de télévision avec des individus qui mélangent politique, liberté, responsabilité, transmission et biais cognitifs. Je recommande ce récent article du British Medical Journal (https://www.bmj.com/content/375/bmj-2021-065312?fbclid=IwAR0sVdsAL_dzjU1EeTzoC6UVKKaoq3nXMbxVzALn9XFVxA5aLLNNx-xh3MA). Vous comprendrez ainsi la complexité et vous pourrez évaluer les risques. Jouez avec les dessins interactifs c’est ludique mais surtout très proche de la réalité (Figure N°2). 

Figure N°2: Graphique interactif de simulation de la transmission virale interhumaine (https://www.bmj.com/content/375/bmj-2021-065312?fbclid=IwAR0sVdsAL_dzjU1EeTzoC6UVKKaoq3nXMbxVzALn9XFVxA5aLLNNx-xh3MA). 

Effondrement des mesures de protection personnelle

Le masque est efficace mais il n’est plus porté (Figure N°3), l’éloignement interpersonnel est efficace mais beaucoup le refusent. Donc la transmission s’accélère, il n’y a rien de surprenant. Il aurait fallu freiner le passage aux frontières mais nous ne voulons pas non plus de cette mesure et éviter de démobiliser les Français en leur disant que c’était fini, qu’ils pouvaient “vivre comme avant” un ancien leitmotiv qui a fait pschitt plusieurs fois. Au final que retenir?
Limitez au maximum la respiration d’air contaminé. C’est à l'intérieur que l’air est le plus probablement contaminé ou bien à l'extérieur dans la foule. 

Figure N°3: Port du masque en France. Plus le virus est contagieux, plus le seuil d’efficacité des masques est élevé. Notamment en intérieur. C’est un fait, nous avons baissé les masques depuis cet été. Ces faits ont été ignorés.

L’efficacité des masques

Les masques sont des dispositifs très imparfaits. De surcroît leur niveau moyen de qualité est très variable suivant les pays. Enfin l’acceptation sociale se heurte à des tabous et à d’autres facteurs irrationnels. Pour autant, ils sont efficaces à plusieurs conditions. Tout d’abord le contexte. Ensuite le type de masque et le pourcentage de personnes qui le portent dans un espace donné. Enfin l’association à l’éloignement interpersonnel. Pour un variant très contagieux cette efficacité nécessite un dispositif ménageant peu d’entrée d’air non filtré, un filtre efficace (FFP2 minimum) et à l’intérieur plus de 95% de personnes portant correctement le dispositif (Figure N°4).

Figure N°4: À Melbourne une étude a été conduite pour étudier l’efficacité du port du masque pendant l’hiver 2020. Pendant cette période seule lobligation du port du masque a été décidée ce qui a facilité l’étude de la corrélation entre port du masque et incidence des cas de Covid-19  (https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0253510). 

Les lieux de transmission et le certificat vaccinal

Comme à chaque résurgence les esprits les moins rationnels proposent des mesures contradictoires. La demande d'abrogation du pass sanitaire, jugé “liberticide”, est un sujet anecdotique mais qui le démontre. Quand on pose la question cruciale “que faire” si on supprime le “pass sanitaire” ils sont nombreux à répondre du tac au tac: l’obligation vaccinale. Ainsi les soi-disant défenseurs de la liberté de transmettre veulent nous imposer une plus grande perte de liberté. Le tout dans une grande hypocrisie car chacun sait bien que la police a mieux à faire pour notre sécurité que de contrôler les certificats vaccinaux. Il en est de même des patrons de boîtes de nuit. Il y a des faits qui indiquent que la transmission est importante sans masque, à l'intérieur et si on parle fort ou on chante sans parler des contacts directs. Ces faits ne sont pas récents. L’impact d’une réouverture de certains lieux avait été évalué dans l’agglomération de Chicago (https://www.nature.com/articles/s41586-020-2923-3) . Ils sont confirmés par des mesures estivales en vie active de l’incidence de la Covid-19 en France (Tableau N°1). Dans cette étude, une analyse plus détaillée des activités spécifiques associées à l'infection par le SARS-CoV-2 par période et par sexe il est constaté que pour les moins de 40 ans, fréquentant des bars ou des soirées privées, en particulier pendant la période du 13 juin au 12 juillet existe un risque accru d'infection. Le risque était plus prononcé pour les hommes que pour les femmes. Le risque a fortement diminué dans ces milieux après l'ouverture des boîtes de nuit (9 juillet) qui sont elles-mêmes devenues des lieux à haut risque de transmission, jusqu’à 7,9 fois le risque du groupe contrôle. Les boîtes de nuit ne sont pas des forteresses sanitaires comme l’affirmait un tenancier. En réalité, ce ne sont pas les boîtes de nuit qui transmettent mais leurs clients. Et parmi eux ce sont surtout les hommes de moins de 40 ans porteurs du virus qui en boîtes de nuit ont un comportement très favorable à la transmission. Soit dit en passant les cassandre qui promettent un Noël de grande transmission à cause de la fermeture des boîtes de nuit n’ont pas lu l’article. Les soirées privées sont bien préférables du point de vue de la pandémie (Tableau N°1), les individus en privé s’avèrent capables de mieux contrôler qui va entrer chez eux. 

Pour maintenir ouvertes les boîtes de nuit, il aurait fallu associer le certificat vaccinal, un test PCR de moins de 24 heures, le port du masque, l’éloignement interpersonnel et des mesures de ventilation/filtration dans l’établissement. Il faut aussi avoir un système de tracing pour détecter précocement un foyer, ce qui fait en grande partie défaut en France. Toutes ces mesures sont possibles mais cela a un coût car la diminution du nombre maximum de clients rend l’exploitation plus difficile sur le plan économique, ensuite l’acceptation d’un tracing n’est même pas à l’ordre du jour et les formalités numériques peu chronophages pour les deux parties seraient aussi interdites. Pour autant la fermeture est en quelque sorte, comme le confinement, le résultat de l'impréparation à une urgence sanitaire, impréparation qui date d’avant la récente pandémie. 

Tableau N°1: Activités spécifiques associées à l'infection par le SARS-CoV-2 par période et par sexe, 13 juillet-12 août 2021, France (https://www.thelancet.com/journals/lanepe/article/PIIS2666-7762(21)00264-7/fulltext) . Dates importantes : Réouverture des terrasses extérieures des bars et restaurants – 19 mai 2021 ; Réouverture des repas et des consommations en salle dans les bars et restaurants – 9 juin 2021 ; Réouverture des discothèques pour les détenteurs d'un « Passe-Santé » (preuve d'un test RT-PCR négatif récent (<72 heures), preuve de vaccination COVID-19 ou de rétablissement d'un COVID-19 récent (<6 mois)) – 9 juillet 2021 ; Introduction à l'échelle nationale du « Passe-Sanitaire » – 9 août 2021. (aOR: risque relatif ajusté)

Les frontières encore et toujours dépourvues de bouclier antiviral

Cette question est un véritable tabou (https://www.bmj.com/company/newsroom/border-controls-restricted-entry-quarantine-essential-for-curbing-covid-19-and-future-pandemics/) 

Depuis les premiers avions arrivant de Wuhan à Roissy nous n’avons pas voulu mettre en place un dispositif étanche permettant notamment quand un variant arrive de freiner sa pénétration dans la population française. Toutes les mauvaises excuses ont été formulées. Il est inutile d’y revenir, c’est un choix politique mais pas scientifique et à ce sujet le conseil scientifique est bien taiseux. Son président ne tarit pas d'admonestations, la plupart justifiées sur le fond mais évite cette question. Soit-dit en passant il est indispensable que pour les prochaines urgences sanitaires le conseil scientifique soit non pas nommé mais constitué en début de mandature après proposition et auditions par les chambres de représentants, qu’il demeure en veille et soit totalement indépendant du pouvoir politique. C’est à coup sûr un des piliers d’une politique sanitaire fondée sur des preuves non altérées par des conflits d’intérêt ou de connivence. 

De quelles mesures s'agit-il quand  il faut réguler les flux aux frontières ? 

Ne nous trompons pas il ne s’agit pas de l’affichage de l’arrêt temporaire de vols directs car il y des chemins détournés pour atteindre sa destination. Ensuite il s’agit du contrôle de tous les voyageurs arrivant par air, mer et terre. Et de leur isolement. Ces dispositions doivent être prises sans délai et les passagers opposés par exemple à l’isolement ne doivent pas embarquer dans un avion. Encore une fois nous ne sommes pas avares de conseils au monde entier mais là c’est l’inverse, beaucoup de pays pourraient nous confier leurs solutions au problème. Si, qu’à Dieu ne plaise, un variant beaucoup plus mortel émerge nous ne serons pas mieux préparés que lors du Bêta, Delta et du B.1.1.529. C’est assez incompréhensible et surtout inexcusable. La perte du contrôle de nos frontières ou des frontières de l’UE est extrêmement dommageable dans une pandémie. Ne pas avoir pris une seule mesure de constitution d’un bouclier sanitaire aux frontières comme ne pas avoir mis en place les “brigades sanitaires” de la loi d’E. Philippe a un coût humain et aussi un coût organisationnel en aval. Dans ce cadre, ni l’opposition politique, ni la société civile n’ont joué leur rôle de proposition. Foncer sur le certificat vaccinal (abusivement appelé “pass sanitaire”) c’est foncer sur le chiffon rouge au lieu de faire que tous les vecteurs humains du variant qui entrent en France soient filtrés et isolés. Dans un article très complet (https://bmjopen.bmj.com/content/11/7/e047832) les auteurs concluent sur l’efficacité d’une approche intégrée des différentes mesures du TTIQ (Test, Trace, Isolate, Quarantine) qu’ils dénomment FTTIS (Find, Test, Trace, Isolate, Support). En effet, la fonction d’assistance est fondamentale. On ne peut pas gérer ces questions avec une agence téléphonique. 

La transmission chez les vaccinés: le talon d’Achille devenu leitmotiv des antivax

A sa naissance, Thétis, sa mère, trempa Achille dans les eaux du Styx, fleuve des Enfers, réputées rendre invulnérable. Pour le plonger dans le fleuve, elle le tint par le talon. Erreur funeste il eut mieux valu le saisir par ses cheveux. Il devint ainsi invincible partout où l'eau avait été en contact avec sa peau, c’est-à-dire partout sauf au talon qui devint son point faible. C'est là que pénétra la flèche de Pâris, guidée par Apollon qui tua Achille, dans une des versions du récit de cette mort. 

Les vaccins ne protègent pas à 100%. Ni des formes graves ni de la transmission. Les vaccins contre la Covid-19 ont été conçus pour diminuer la mortalité et le risque de maladie grave conduisant en réanimation. C’est ainsi que la FDA a planifié le processus d’évaluation de tous les vaccins en fixant un seuil élevé d’efficacité de 75%. La question de la transmission n’était donc pas l’objectif. À la suite des résultats des essais randomisés qui ont qualifié les vaccins à ARN messager de Pfizer et ModeRNA la campagne vaccinale a pu commencer. L’efficacité dans les deux RCTs (essai clinique randomisé) a été vérifiée en vie réelle. Plus de 90% sur les décès et les formes graves. Les chercheurs se sont alors penchés sur la transmission. Il faut savoir, c’est très simple à comprendre, que l’efficacité sur la mortalité est facile à déterminer puisque l’évènement décès dû à la Covid-19 est parfaitement documenté notamment pendant le séjour en réanimation. En revanche, étudier la transmission est beaucoup plus complexe. Quoi qu’il en soit, les premières études humaines ont concerné les soignants. Chez eux, l'immunité vaccinale est souvent associée à une immunité après guérison de la Covid-19. En général, ces études ont montré que la transmission était freinée par le vaccin mais pas dans les proportions de la prévention des formes graves et des décès. Avec les vaccins à ARN messager la transmission est freinée de 50 à 60% chez les vaccinés immunisés c’est à dire 95% des personnes toutes tranches d’âge confondues. Pour la transmission, le temps affaiblit aussi la protection.

Les immunoglobulines des muqueuses respiratoires

Au niveau du nasopharynx, des bronches et des bronchioles il existe des immunoglobulines A1, anticorps qui sont plus spécifiquement dirigées contre les virus (https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2020.611337/full). Ces IgA1 inhibent l'antigène viral d’attache aux cellules et neutralisent le virus dans la cellule muqueuse après pénétration. Cependant dans le cas du Sars-CoV-2 et des vaccins à ARN messager les IgA disparaissent plus vite que les IgG (immunoglobulines présentes dans le sang circulant) (Figure N°5 (a) et (b))

Figure N°5 (a) & (b): Il s’agit de 4 sujets vaccinés avec un ARN messager à deux doses. À gauche les IgG qui après la deuxième dose à 28 jours restent élevés jusqu’à 5 mois à un taux suffisant. À droite les IgA qui sont aussi renforcées par la deuxième dose mais ne sont plus à un taux suffisant après le troisième mois (https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0249499) .

 Une étude de la transmission en vie réelle  

Dans cette étude en vie réelle réalisée aux Pays Bas la transmission est mesurée par ce que l’on appelle le taux d’attaque. Il est clair que dans les contacts à domicile dans le cercle familial la vaccination des deux acteurs le cas index et le contact est très efficace dans la transmission. Il est donc très inexact d’affirmer que les vaccins actuels n’entravent pas celle-ci.

Figure N°6: Taux brut d'attaque du SARS-CoV-2 parmi les contacts, par statut vaccinal de l'index (de gauche à droite) et statut vaccinal du contact (de haut en bas), Pays-Bas, 1er février-27 mai 2021 (n = 113 582 cas index, n = 253 168 contacts) (https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.31.2100640?fbclid=IwAR19Hy-YAAmkWNomMsU42N5ADs3CQRAetP-RU9WYiYhkayM0CjEgYmW908c). Après ajustement en fonction de l'âge de l'index et du contact, du statut vaccinal du contact et du mois de la date de notification du cas index, l'efficacité vaccinale sur la transmission (EVT) dans le cadre des contacts familiaux après vaccination complète était de 71 % (intervalle de confiance (IC) à 95 % : 63 à 77). L'EVT pour les autres contacts étroits était beaucoup plus faible (22 % ; IC à 95 % : -5 à 43), probablement en raison du risque plus élevé que
le contact soit infecté par une autre source (c'est-à-dire une mauvaise classification du cas index). Stratifiées par vaccin reçu par le cas index, les valeurs de l'EVT ont été estimées à 58 % pour Vaxzevria, 70 % pour Comirnaty, 88 % pour Spikevax et 77 % pour le vaccin Janssen. Pour tous les vaccins avec un calendrier à deux doses, l’EVT ajustée (EVTa) après une dose était considérablement plus faible qu'après deux doses : 15 % pour Vaxzevria, 26 % pour Comirnaty et 51 % pour Spikevax 

Quels vaccins contre la transmission?

Le défi actuel dans la conception de nouveaux vaccins est d'induire une protection systémique et muqueuse de longue durée contre la souches vaccinale, mais aussi contre les variants. 

La plupart des vaccins antiviraux sont administrés par voie intramusculaire ou sous-cutanée,  ils n’induisent pas toujours induire une réponse immunitaire muqueuse. Il a été démontré que les anticorps IgA sur les surfaces muqueuses jouent un rôle plus important que les IgG pour la protection contre l'infection par le virus de la grippe A et pour l'immunité protectrice croisée contre plusieurs sous-types d'hémagglutinine virale de ce virus. Plus récemment, il a été montré chez la souris que l'immunisation avec la sous-unité du MERS-CoV S1 et la protéine Spike pleine longueur provoque des niveaux élevés de réponse IgA neutralisante spécifique à S1. Cependant, les anticorps IgA neutralisant le MERS-CoV dans le liquide de lavage broncho-alvéolaire n'ont été induits que par administration intranasale et sublinguale, mais pas par administration intramusculaire. Nous sommes bien devant un nouveau défi: verrouiller la porte d'entrée anatomique à savoir la muqueuse du nasopharynx pour améliorer l'efficacité vaccinale contre la transmission. Pour autant claironner que “les vaccins n'empêchent pas la transmission”, ce que certains ont appris par coeur, est un gros mensonge qui n’a qu’un but celui de relancer toutes les théories visant à ne proposer le vaccin qu’aux personnes “fragiles”. 

Les axes de développement d’un vaccin plus efficace contre la transmission

Un vaccin qui arrête la transmission plus vite et plus fort est attendu. Mais aucun vaccin ne bloque complètement la transmission. On le sait depuis longtemps. Les vaccins à ARN messager sont très efficaces par rapport à ceux d'autres viroses respiratoires comme la grippe. Pour autant la transmission est possible en cas de contact. En effet le sujet vacciné a un taux d'interféron variable, un taux d'anticorps neutralisants variable, des immunoglobulines IgA variables au niveau des muqueuses respiratoires et au final il faut du temps pour éliminer les virus arrivés dans des milliards de gouttelettes dans l'air inspiré. Même si cela reste un sujet difficile à étudier, l'équipe d'Oxford l'a fait avec le ChadOx1nCov-19:

"Résultats : entre le 1er octobre 2020 et le 14 janvier 2021, 499 participants ont développé une infection à Covid-19. 1524 prélèvements (test d’amplification des acides nucléiques) positifs pour le nez/la gorge ont été collectés auprès de ces participants au cours de l'essai. Parmi eux, 323 prélèvements de 256 participants ont été séquencés avec succès. ChAdOx1nCoV-19 les receveurs avaient une charge virale significativement plus faible représentée par la valeur minimale du Ct PCR (p<0,0001) et étaient positifs au test d’amplification des acides nucléiques pendant une durée plus courte (p<0,0001) que les participants ayant reçu le vaccin témoin.L'activité de neutralisation du virus par les anticorps induits par le vaccin était de 9 -fois plus faible contre le variant B.1.1.7 que contre une lignée canonique non-B.1.1.7. L'efficacité du vaccin contre une infection (test d’amplification des acides nucléiques) positive symptomatique était similaire pour les lignées B.1.1.7 et non-B1.1.7 (74,6% [ IC à 95 % 41,6-88,9] et 84 % [IC à 95 % 70,7-91,4] respectivement). Il n'y avait aucune différence dans les titres d'anticorps anti-pic entre les individus qui avaient reçu un vaccin à vecteur ChAdOx1 antérieur et ceux qui étaient naïfs de ChAdOx1.” (https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3779160).

Il est clair dans cette étude d'Oxford que la transmission chez les vaccinés est réduite en durée ce qui est très important. Pour autant il s’agit du variant Béta et des variants antérieurs et non du Delta ou bien de l’Omicron. Ce qui pourrait changer la donne, ce sont les antiviraux. En effet, ils pourraient chez les patients symptomatiques réduire la période de transmission (molnufipavir, Paxlovid, anticorps monoclonaux). Reste à étudier ce qui avec le Sars-CoV-2 a les meilleurs résultats. En s’immunisant par la maladie ou en introduisant un vaccin ou des antiviraux on modifie le jeu évolutionniste dans l'émergence des mutations les mieux adaptées. Néanmoins dans cette pandémie où le risque est la survenue d'une forme grave et une mortalité de 1-2%, rappelons que le fait d'avoir eu la maladie ou bien de se vacciner protège très bien avec pour le vaccin des effets secondaires rares et non graves. L'exemple des pays de l'Est et de la Russie nous le rappelle. Il faut poser cette question de la transmission sans tabou et en particulier en ne martelant pas "tous vaccinés tous protégés" car c'est faux. "Tous vaccinés mieux protégés", et ensuite "tous immunisés plus protégés". Disons la vérité. C'est pourquoi pour obtenir cette immunisation dans la durée il y a différentes indications vaccinales, différentes doses et des boosters. C’est pourquoi les preuves évoluent avec les données et des changements sont à attendre. Pour revenir à la comparaison avec d'autres viroses respiratoires, rappelons que la situation de la grippe est différente de celle de la Covid-19 car la grippe est endémique depuis de nombreuses années. De nombreuses personnes ont une immunité contre une des souches car ils ont eu la maladie ou bien parce qu'ils ont été vaccinés dans le passé. Il y a bien un fond d'immunité collective accumulée, non seulement humorale mais cellulaire et muqueuse. Dans ce contexte, les vaccinations nouvelles sont des boosters pour toutes ces personnes ayant déjà rencontré un virus grippal. C'est ce qui pourrait bien se passer avec la Covid-19. C'est pourquoi il ne faut restreindre l'utilité de la vaccination ni à la protection personnelle ni à l'immunité collective. Les deux sont à l'œuvre. Écoutons Andrew Pollard d'Oxford: “Une grande inconnue est de savoir dans quelle mesure l'un des vaccins existants fonctionne pour arrêter l'infection et la propagation du virus. Il est possible de ralentir la transmission mais il est très difficile de l'arrêter. Pour que ce virus survive, il va devoir sélectionner des variants qui peuvent encore se transmettre dans les populations immunisées. Je pense donc que nous allons assister à une transmission continue de ce coronavirus. Et je ne pense pas que cela va s'arrêter dans les années à venir. Nous ne devrions pas être surpris par cela, car nous vivons normalement avec des coronavirus, de toute façon.”

Au final il faut souligner:

Les vaccins diminuent la transmission en diminuant la charge virale et la durée de présence du virus dans le nasopharynx. Cette diminution est entre 30 et 60% en fonction du temps depuis le dernier rappel, des variants et des vaccins. Les vaccins restent à ce jour très efficaces contre les formes graves et le risque de décès quelque soit le variant. Après ce débat sur la transmission, on peut espérer que l'utilisation du concept de circulation virale va disparaître. En effet le virus de la Covid-19 est transmis d'homme à homme par l'air et ses gouttelettes ou aérosols. Il n'a aucun moyen propre de circuler. C'est pourquoi l'aération/filtration, le masque et l'éloignement sont si efficaces en intérieur. D’autres vaccins plus efficaces sur la transmission vont probablement apparaître, le principal obstacle pourrait être la diminution des cas de Covid-19 pour réaliser des essais.

Figure N°7: Le vaccin diminue le portage du virus (https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3779160). Il faut noter que chez les patients asymptomatiques et même si le portage est plus court l’effet du vaccin est peu significatif. Cas symptomatiques primaires versus cas asymptomatiques : p<0,0001. De même le Béta apparaît plus difficile à maîtriser mais la différence avec les cas non B.1.17 n’est pas significative. Cas B.1.1.7 vs non B.1.1.7 p=0,5202. Or nous en sommes à l’Omicron. 

La maîtrise de la transmission compte beaucoup dans la morbimortalité d’une pandémie

Au final, il faut redire comment ces mesures de protection personnelle agissent sur les structures de soins. Dans le meilleur des cas (respect précoce des mesures par un pourcentage élevé de la population, contrôle absolu des porteurs du virus aux frontières, isolement des cas positifs et dépistage des foyers) la mortalité baisse et ce significativement voire drastiquement (cf infra). Dans les cas où ces mesures sont décidées plus ou moins tardivement et moyennement appliquées, c’est un aplatissement de la courbe de croissance exponentielle de la pandémie (Figure N°5). Le système de soins de tous les pays le nécessite. Premièrement pour gagner du temps et redéployer les ressources. Ensuite car aucun pays n’a une capacité infinie de réanimer des malades dans des unités de soins critiques. Enfin parce que cela permet dès que la pression diminue de reprendre les soins programmés. Les politiciens devraient sur ce point et d’autres se rendre à la raison des faits et avoir le courage de l’expliquer.

Figure N°8: Aplatir la courbe du nombre de malades en fonction du temps c’est diminuer le flux d’hopsitalisations et donc de patients  nécessitant des soins critiques (https://read.oecd-ilibrary.org/social-issues-migration-health/health-at-a-glance-europe-2020_82129230-en#page34) . Ce sont les mesures de protection personnelle qui le permettent ainsi que le TTIQ (Test, Trace,Isolate, Quarantine). Le vaccin n’est pas une alternative à ces mesures c’est un complément tant et aussi longtemps que la pandémie est active et menace la vie économique et le système de soins. 

Points clés de notre compréhension de la transmission interhumaine du Sars-CoV-2

1. Il existe peu de preuves quantitatives solides sur l'importance des différents mécanismes de transmission du SARS-CoV-2, ou sur l'efficacité des mesures d'atténuation environnementales et comportementales dans un large éventail d'environnements réels. 

2. La communication de preuves comportant de grandes incertitudes ou difficiles à quantifier, telles que la transmission du SARS-CoV-2, présente des défis particuliers qui sont peu à peu relevés grâce aux données recueillies pendant la pandémie

3. En l'absence de preuves quantitatives solides, la sollicitation d'experts peuvent aider à rassembler et à synthétiser les connaissances provenant de sources multiples

4. La sollicitation et les explications d'experts a été utilisée pour étayer un outil interactif permettant de visualiser les modes de transmission du SRAS-CoV-2 et les effets probables des mesures d'atténuation dans différents contextes

5. L'outil de visualisation aide à transmettre les incertitudes inhérentes aux données, tout en fournissant un moyen d'explorer l'influence relative des différentes mesures d'atténuation

6. Cet outil devrait aider les décideurs et le public à prendre des décisions éclairées sur la meilleure façon de réduire la transmission du SARS-CoV-2 dans différents contextes

Ces 6 points concernant la compréhension de la transmission inter-humaine illustrent que ces travaux ne sont pas uniquement dédiés à la Covid-19 mais à toutes les infections respiratoires à transmission aérienne. Par exemple, ces données sont très utiles pour la bronchiolite du nourrisson, et au vu du manque de protection de ces patients fragiles c’est à coup sûr très important (https://www.sfpediatrie.com/sites/www.sfpediatrie.com/files/medias/documents/cp_sfp_22oct2021-.pdf) . C’est aussi le cas de la grippe des immuno-fragiles. Ainsi la transmission aérienne des virus est directement le résultat de notre attitude aux autres. Le vaccin est un moyen mais il n’est pas suffisant. Les mesures décrétées sont toujours des choix et des décisions politiques souvent imparfaites. Ces décisions sont pour autant nécessaires pour diminuer la mortalité à condition qu’elles soient cohérentes et évaluées en permanence ce qui veut dire adaptées sans délai et appliquées sans exception. La comparaison des politiques publiques et des résultats de mortalité (Figure N°6) est curieusement peu évoquée dans le débat public. C’est un sujet d’étonnement pour les Asiatiques et même les Français qui vivent en Asie. Les opinions publiques et surtout médiatiques en Europe sont colonisées par les allergiques au certificat vaccinal alors même que des atteintes beaucoup plus sérieuses à notre vie privée préexistent et survivront à la pandémie. Il serait risqué de ne pas discuter rapidement de la question de l’organisation sanitaire dans les grandes urgences de santé publique. Cette pandémie a démontré des forces et des faiblesses, il est possible de s’améliorer mais il faut le faire immédiatement. 

Figure N°9: La mortalité cumulée rapportée à la population est intéressante à comparer. Il s’agit là de pays européens, des mêmes virus, de vaccins similaires, de populations à la répartition en classes d’âges proche et de systèmes de soins performants. Les taux de vaccination sont aussi assez proches. Et pourtant c’est un grand écart. Les britanniques ont une mortalité de 2154/million et les Norvégiens 208/million. Actuellement ce sujet très sensible, car il y a beaucoup de morts qui auraient pu être évités, n’est quasiment jamais évoqué pour en analyser les causes. Les premières indications démontrent que la mortalité est fortement impactée par la maîtrise de la transmission.

Ces données sur la transmission étant mises à jour, il faut parler du variant qui succédera au Delta. Le variant sud-africain que nous envisageons dans la deuxième partie