Covid-19 : petits éléments pour comprendre où nous en sommes vraiment de la pandémie

La situation en France suit la dynamique de l’épidémie qui ralentit depuis le 10 avril. Les modèles dont celui de l’IHME l’avait prévu. J’ai publié en Mars ces prévisions. Il faut rappeler qu’une maîtrise plus serrée de la transmission aurait permis d’éviter le Confinement Indifférencié Généralisé (CIG). En effet l’isolement aux frontières, à l’intérieur associée à des confinements localisés stricts auraient permis d’éviter la flambée due au variant britannique et à la transmission endémique dans les zones géographiques où depuis le début de la pandémie la moindre observance des protections personnelles est permanente. 

LES DONNEES FACTUELLES SUR LA PANDEMIE EN FRANCE (SEMAINE 17/ 2021)

Depuis plusieurs jours nous pratiquons moins de tests

À la différence du début de la pandémie, il y a suffisamment de tests disponibles en France et donc cette chute est principalement imputable à la chute du nombre de patients présentant des symptômes et souhaitant savoir s'ils sont en rapport avec la covid-19 (Figure N°1). Dans ce contexte de non pénurie c’est un indicateur précoce de la décroissance de la transmission.

Le confinement indifférencié généralisé toujours utilisé à défaut de mesures précoces

Bien sur le CIG joue un rôle car il freine la transmission des personnes positives et l’activité de toutes les autres. Ce modèle égalitariste nous l’avons implicitement choisi depuis le début pour des raisons essentiellement matérielle et logistique. Mais aussi pour des raisons culturelles, cette préférence pour la punition collective plutôt que différenciée qui évite la crise morale de jalousie des uns vis-à -vis des autres. Il n’est que de lire les incroyables réactions au déconfinement différencié annoncé par le gouvernement. Il n’est pas contestable que dans certaines zones géographiques la population maîtrise mieux la transmission que dans d’autres

Figure N°1: les tests journaliers diminuent principalement en raison du moindre nombre de personnes symptomatiques.

Le nombre de cas confirmés par million amorce une décroissance

C’est un fait (Figure N°2) mais il serait très erroné de “croire” à une chute rapide et prolongée permettant d’atteindre un niveau de transmission comparable à la post phase sporadique. C’est probable mais un certain nombre d’incertitudes existent: les protections personnelles vont-elles encore diminuer en observance? Les autres variants que le B117 peuvent ils le supplanter en France?

Figure N°2: pour sortir de la zone où la mortalité résiduelle est élevée, ce qui caractérise l’épidémie depuis novembre 2020, il faut que le nombre de cas confirmés, en moyenne, descende au-dessous de 50 par million. Avec le nombre de personnes vaccinées ce n’est possible qu’avec des contraintes fortes sur la protection personnelle et l’isolement.

Nous observons que le nombre de cas par million d'habitants à un maximum le 17 avril où le nombre moyen de cas avait atteint 669,75 cas par million est en train de redescendre. Il faudra encore quatre à six semaines pour que le nombre de patients hospitalisés diminue. Une fois entré à l’hôpital un patient peut en effet y rester plus longtemps que lors de la phase sporadique car les traitements se sont améliorés, que le profil des patients est différent et que nous sommes dans l’ignorance du score de gravité des patients en soins critiques.

Le taux de reproduction de l’épidémie, un mieux qu’il faut amplifier

Figure N°3: le taux de reproduction R est enfin franchement au-dessous de 1. Un cas positif transmet le virus à moins d’un autre Français ou résident en France.

Ces données (nombre de tests, nombre de cas) sont cohérentes et le calcul du taux de reproduction du virus, le coefficient R montre qu’il est actuellement au-dessous de 1, à 0,91 ce qui est encourageant (Figure N°3). Une fois de plus il n’est pas nécessaire de confiner pour le faire baisser durablement et plus significativement il faut simplement isoler les cas contacts et positifs. Mais nous n’avons pas prévu de le faire, laissant la porte ouverte à une reprise épidémique tant que le nombre de vaccinés est insuffisant. Il paraît que la répétition est pédagogique mais en réalité le sentiment est plutôt qu’avec des gens obstinés il faut s'auto protéger. Il est donc du plus haut intérêt sanitaire de rappeler les moyens simples à notre portée. C'est-à -dire porter un masque FFP2 ou un double masque à cause des variants dans tous les endroits clos et dans tous les attroupements extérieurs. Ne partager un repas avec des personnes ne faisant pas partie de la famille qui vit ensemble que dehors et à distance. Avec un R à 0,91 il ne faut pas espérer une chute rapide des cas et des décès avant plusieurs semaines.

Les modèles nous aident à comprendre non plus la croissance mais la décroissance exponentielle

Figure N°4: les auteurs ont modélisé la décroissance de l’épidémie au RU. Ce qu’il faut retenir c’est que ce n’est pas un processus linéaire. Il faut faire l’effort de descendre au-dessous de 0,7 de R pour avoir une perspective d'extinction ou de quasi extinction de l’épidémie. Nous n’avons pas de travail académique publié sur la situation de la France à ma connaissance.

L’enjeu est majeur. Pour reprendre des activités il faut augmenter notre observance des comportements anti-transmission. Ce qui je le répète n’a rien à voir avec les activités économiques en dehors des lieux clos de restauration. Tout le reste peut rouvrir dès lors que la transmission est sous contrôle mais avec une observance très stricte. Chaque palier de décroissance du taux de reproduction démontre que nous maîtrisons la transmission inter-humaine par les gouttelettes et les aérosols. Faut-il rappeler que nous avons échoué en Novembre 2020 à maintenir cette transmission au-dessous de 1 (Figure N°3)? La Figure N°4 explique assez bien la nécessité des petits pas quand on sort d’une phase aussi endémique de l’épidémie associée à une explosion restreinte liée au variant B117. Dans plusieurs pays le taux de reproduction R est pris en compte à la fois dans les décisions de réouverture mais aussi géographiquement. En effet, il est simple de comprendre que l’épidémie se calme quand un cas positif transmet à moins d’un autre humain. Et qu’elle s’éteint si un cas positif n’arrive pas à transmettre car certains sont immunisés ou se protègent efficacement. Mais voilà on ne peut pas manipuler le R, le seuil c’est 1 et il faut quoi qu’il en coûte descendre au-dessous de 0,7. Quand on a suivi les errements et la procrastination à agir du gouvernement en Janvier il est facile de comprendre que les autres valeurs (cas confirmés, hospitalisations et occupation des lits de soins critiques) sont beaucoup plus manipulables. Or “on ne joue pas avec une pandémie”. Les donneurs de leçon reçoivent le boomerang en pleine figure.

Les décès nous affligent même si ils ont été évacués de la scène médiatique

Les indignés, dans notre pays, sont légions. Ils sont très actifs, de la législation sur l’écocide, aux discriminations alléguées les plus variées, aux animaux d’élevage, la liste est aussi longue que notre tendance récente à s’emparer d’une cause qui n’est en général qu’un sujet périphérique. Car il se déroule en France une épidémie qui depuis Janvier 2020 continue à tuer des centaines de Français par jour. Les mêmes indignés détournent leur regard. 

Figure N°5: il faut retenir que le nombre de morts est proportionnel à la surface sous la courbe des décès journaliers. 300 décès par jour c’est inacceptable. Il faut maîtriser l’épidémie et les moyens ne manquent pas en attendant la vaccination et sans arrêter l’économie. Ce chemin, cette ligne de crête que d’autres pays ont réussi à tenir, il n’est jamais trop tard pour l’emprunter avec courage quand autant de Français décèdent chaque jour.

Pourquoi la mortalité va rester élevée dans les deux à quatre semaines à venir? Parce qu’il y a plus de 30000 patients hospitalisés dont presque 6000 en soins critiques sans que l'on sache sur ces 6000 combien sont sous respirateur. Il ne faut donc pas sous-estimer ce délai dans l’appréciation de la situation.

TRANSMISSION ET NON CIRCULATION

Le virus Sars-CoV-2 ne circule pas, nous le transmettons dans nos gouttelettes et aérosols d’air expiré. En 24 heures nous expirons environ 20000 fois

La transmission est interhumaine, entre un porteur du virus et des personnes non immunisées

En fonction des cas, des signes cliniques, de la date du diagnostic, il y a deux semaines de transmission possible pour un porteur du virus

Maîtriser la pandémie nécessite une diminution drastique de la transmission

C’est pourquoi l’isolement de ceux qui ont le fort pouvoir de transmettre, les cas contacts et positifs est aussi essentiel

Le contact tracing est basé sur les données intelligentes et un système d’enquête ultrarapide

L’isolement est basé sur une organisation en réseau au contact de la population pour fournir les conseils et au besoin le toit, l'alimentation et les soins pour deux semaines et la contrainte quand elle est nécessaire

LA VACCINATION

En ce qui concerne la vaccination, nous observons un plateau depuis le maximum journalier observé le 15 avril (Figure N°6). Nous administrons actuellement 335000 doses par jour. La campagne est impactée par les difficultés des vaccins à vecteur viral. Les Français ont aussi été ébranlés par les traditionnels diffuseurs de fausses nouvelles largement relayés par des réseaux sociaux. C’est un paradoxe alors que la vaccination de plusieurs dizaines de millions de personnes a démontré l’efficacité et la grande innocuité des vaccins autorisés par la FDA et l’EMA. C’est pourquoi, puisque l’offre semble au niveau de la demande, il n’est plus utile de prioriser des groupes de personnes. Il faut ouvrir la vaccination à tous en consacrant les efforts de l’administration sanitaire sur ceux qui, à risque, ne sont pas encore vaccinés alors qu’ils le souhaitent. Attention, compte tenu de l’incertitude actuelle, il faut être prêt à une nouvelle campagne de vaccination si des foyers aussi énormes que l’Inde ou l'Amérique du Sud permettent des mutations à l’avantage des mutants ce qui semble encore très possible.

Figure N°6: doses administrées par jour pour 100 personnes. Cet indicateur n’est pas manipulable, il traduit l’avancement de la campagne de vaccination.

LES VARIANTS

Factuellement nous savons peu de choses en dehors du B117 (britannique). Il ne s’agit pas de l’absence d’études, il ne s’agit pas de la taille des populations contaminées, il ne s’agit pas de l’absence de surveillance génétique. Il s’agit du fait que nous avons besoin de temps pour déterminer la contagiosité et la morbimortalité intrinsèques des variants qui émergent des mutations très nombreuses du Sars-Cov-2. Or d’autres facteurs que la génétique du variant affectent la dynamique de l’épidémie dans les zones actives de la pandémie.

Notre quarantaine est une plaisanterie et ce depuis le début

Dans ce contexte, il faut rendre les frontières étanches aux variants. Mais voilà comme cet exercice n’a pas été appris en 15 mois de pandémie nous évoluons entre déni, procrastination et ridicule. Il suffit d’un peu de bon sens épidémique pour savoir que cette étanchéité des frontières ne se limite pas au hall de l’aérogare de Roissy. C’est partout, air, terre, mer. Ensuite il est ridicule de laisser les arrivants aller s’isoler à des centaines de kilomètres de leur port d’arrivée. L’isolement doit être fait à la frontière quoi qu’il en coûte car cela coûtera beaucoup moins cher que de nouveaux confinements. Il est encore plus grave de prévoir une sortie de deux heures par jour. Faut-il rappeler la réalité aux administratifs? Le virus ne reste pas à la maison quand un cas positif quitte l’isolement. Encore une fois nous inventons un pseudo-isolement à la française qui est une impuissance et un renoncement. Le gouvernement a eu maintes occasions de s’améliorer et il est clair qu’il ne veut pas isoler ni aux frontières ni à l'intérieur. Je l’ai plusieurs fois souligné, avant de contraindre il faut organiser et assister les personnes pendant deux semaines, ce qui n’est pas du tout insurmontable. Le dispositif actuel basé sur des appels téléphoniques des caisses de la sécu, des ARS ou d'intervenants extérieurs ne donne pas de résultats.

Ce panorama de la pandémie est une impression de déjà vu. Rien ne change car comme dans d’autres domaines nous ne tirons pas les leçons du passé récent. Comme dans notre vie personnelle, ce genre de comportement a un prix.