Nouvelle souche au Royaume-Uni : le coronavirus est-il en train de développer des mutations qui lui permettront d’échapper aux vaccins actuels ?

Atlantico.fr : Une mutation du coronavirus est apparue au Royaume-Uni, qu’en sait-on actuellement ?

Collectif Du Côté de la Science : Il faut tout d’abord rappeler que le coronavirus mute très régulièrement, comme de nombreux virus.

Comme le British Medical Journal le précise,  le nouveau variant anglais du coronavirus (appelé VUI-202012/01 ou B.1.1.7) se compose de 23 nouvelles mutations, et hélas, huit sont présentes sur la “protéine S” (spike) (dont la mutation N501Y) qui permet au Sars-Cov2 de contaminer les cellules humaines via le récepteur ACE2, ce qui, selon des simulations informatiques, faciliterait les contaminations.

Cette mutation existe et circule depuis la mi-septembre en Angleterre, mais jusqu’alors, elle était considérée comme un variant commun. Ce n’est que depuis quelques jours, compte tenu d’une augmentation importante du nombre de cas de B.1.1.7 au Royaume-Uni , qu’une corrélation a été faite entre l’aggravation de la situation et la diffusion de cette souche, et qu’elle est scrutée avec inquiétude. Le variant est apparu dans un cluster du Kent avant de diffuser et d'être retrouvé ces derniers jours chez des patients dans les régions de Londres, de l’est et du sud-est de l'Angleterre.  Près de 90% des patients avaient moins de 60 ans et la létalité était de 0.6%.

Le 18 décembre, une étude d’un groupe de scientifiques conseillant le gouvernement britannique (Nervtag) a été reprise par de nombreux médias : le variant pourrait être 70% plus transmissible, le R (taux de reproduction du Sars-Cov2, ie. le nombre moyen de personnes infectées par une personne contaminée) serait de 0,9 (vs 0,4 pour les autres souches) ; enfin la mutation N501Y augmenterait aussi  la charge virale de 50%. Ces données ont été précisées le 22 décembre  sur la base du nombre de cas répertoriés  : en présence de ce seul variant, le R passerait de 0,8 à 1,32.

Néanmoins, la majorité de ces données proviennent de modélisation informatiques (in silico) et du suivi épidémiologique possible grâce au séquençage du génome viral retrouvé chez les patients COVID+. Pour le moment, ces données s’intègrent dans la cadre d’une corrélation, sans causalité formelle démontrée. Si la mutation N501Y a effectivement été identifiée par le passé comme pouvant augmenter l'affinité de Spike pour le récepteur ACE2 (retrouvée chez la souris et le furet), la démonstration chez l’homme de l’augmentation de la contagiosité n’a pas été faite factuellement, et demeure probable. Comme le rappelle l’eCDC, l’absence d'évidences doit amener à la prudence, autant pour les  effets d’annonce qu’un “rassurisme” déplacé. 

Le point important à confirmer rapidement est que les tests antigéniques utilisés actuellement sont capables de détecter ce variant. A rappeler que ce variant a été identifié parce qu’il rendait un résultat inattendu avec le test PCR Thermo Fisher (TaqPath) ciblant 3 protéines (N, ORF1ab, S). Du fait des mutations, l’une des amorces spécifiques à la protéine S rendait un résultat négatif alors que les séquences ORF 1 a et N étaient identifiées. 

Professeur Antoine Flahault : Apparue en septembre en Angleterre, il s’agit d’un variant qui ne représente pas un nouveau virus, ni un nouveau serotype mais une variation antigénique, certes substantielle, et qui pourrait en théorie modifier le potentiel de transmission du virus. 

Doit-on s’inquiéter de la mutation, notamment en termes de maitrise de l’épidémie ?

Professeur Antoine Flahault : Ce variant semble se répandre rapidement notamment dans les parties du Royaume-Uni qui connaissent une forte croissance épidémique. On ne sait pas encore si ce n’est qu’une simple coïncidence ou si ce nouveau variant est la cause de cette recrudescence.

Cette mutation risque-t-elle de rendre les vaccins qui arrivent sur le marché en partie obsolètes ? Si besoin, adapter le vaccin à cette nouvelle forme du virus serait-il facile, comme pour la grippe ?

Collectif Du Côté de la Science : Les vaccins induisent une réponse humorale (via des  anticorps produits par les lymphocytes B) et cellulaire (via les lymphocytes T). La réponse humorale est dite polyclonale, car le système immunitaire développe de nombreux anticorps contre les différents sites de la protéine S (Spike) présente dans les vaccins. Les anticorps se liant à la protéine S ont un pouvoir neutralisant plus marqué car ils empêchent le virus de se lier au récepteur ACE2 de la surface de nos cellules, et l’entrée du virus. 

A ce jour, s’il semble que le variant anglais modifie ponctuellement la séquence d’un des piliers du domaine de reconnaissance (RBD) au récepteur ACE2, la structure de la protéine S demeure identique, et aucun élément ne permet d’affirmer qu’il peut remettre en cause l'efficacité de la réponse humorale. Même si cette mutation peut éventuellement rendre inefficace certains anticorps, d'autres pourraient être capables d'inactiver malgré tout le coronavirus. De plus, la réponse cellulaire induite par les vaccins ARN (on attend des informations complémentaires pour les autres vaccins) pourrait également contribuer à l’inactivation virale, en raison de séquences virales inaccessibles aux anticorps, mais pas aux lymphocytes.

La grippe est un virus différent, car le virus mute énormément, bien plus que le SARS-CoV2, et il est constitué de deux protéines associées (H et N) qui définissent par leur permutation une matrice de combinaison plus large, et de nombreux variants.

Professeur Antoine Flahault : A priori cette mutation n’affecte pas les parties de la protéine Spike que ciblent les vaccins, donc les vaccins ne devraient pas avoir perdu leur efficacité.

L’avantage des vaccins à ARN messager est qu’ils sont assez aisément reprogrammables pour les rendre compatibles avec une nouvelle souche virale dont la mutation affecterait l’immunité. Mais ici, comme évoqué ci-dessus, ce n’est pas d’actualité.

Le traitement du coronavirus va-t-il progressivement ressembler à celui de la grippe saisonnière, obligé de s’adapter en permanence ?

Professeur Antoine Flahault : Pour le moment, il est trop tôt pour le dire. Il est probable que lorsque la pression de sélection sera rendue forte contre le coronavirus en raison de la conjonction de l’immunité naturelle acquise par la population et de celle conférée par la vaccination, alors il y aura un avantage sélectif aux mutations qui permettront au virus de se frayer plus facilement un chemin dans la population. Mais nous n’en sommes pas encore là.

Peut-on éviter la diffusion de cette nouvelle forme du virus en France ? Doit-on s’en inquiéter, notamment en termes de maîtrise de l’épidémie ?

Collectif Du Côté de la Science : Il est fort probable que le nouveau variant du virus soit déjà présent sur le continent européen hors RU, il a d’ailleurs été identifié de façon sporadique. Pour en connaitre la diffusion, il faudrait séquencer de façon large, car on ne trouve que ce qu’on cherche, et à l’heure actuelle le séquençage est loin d’être fréquent. Néanmoins, ce nouveau variant ne devrait pas modifier outre mesure les règles de maîtrise de l'épidémie, car sa prévention n’est pas différente, et c’est en respectant les gestes barrières qu’on pourra bloquer sa diffusion, comme les autres. Ce sont les comportements humains qui permettent la diffusion du virus, non le type de variant.

Cette mutation est-elle particulièrement recensée au Royaume-Uni et moins ailleurs. Comment l’expliquer, cela peut-il être dû à une différence dans la façon de tester, notamment avec le séquençage d'ADN ? 

Collectif Du Côté de la Science : Le mutant britannique a été identifié en Italie il y a quelques semaines, sans pour autant alarmer les autorités. Il est clair que l’on ne peut pas tracer tous les mutants si on ne séquence pas largement les génomes viraux issus de patients, et en particulier de patients décédés. Le Danemark et le RU sont ainsi des pays ayant une approche de séquençage systématique beaucoup plus développée qu’en France. Le GISAID s'était d’ailleurs interrogé sur la raison pour laquelle la France contribue aussi peu à la mise à disposition de génomes séquencés. 

https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/947048/Technical_Briefing_VOC_SH_NJL2_SH2.pdf

https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-rapid-increase-sars-cov-2-variant-united-kingdom